In Nederland vindt de controle van het inspectiecertificaat tegelijktijdig plaats met de behandeling van de aangifte voor het vrije verkeer.
Bij de aangifte voor het vrije verkeer moet voor biologische zendingen de aangiftecode C644 worden gebruikt. Voor de douane is dit het signaal dat er ook een biologisch inspectiecertificaat aanwezig is dat gecontroleerd en geviseerd moet worden.
Voor niet-biologische zendingen wordt de aangiftecode Y929 gebruikt.
Het is belangrijk dat de juiste aangiftecode gebruikt wordt voor biologische zendingen, aangiftecode C644. Zendingen die al als niet-biologisch zijn vrijgegeven met aangiftecode Y929 voor het vrije verkeer, kunnen NIET met terugwerkende kracht als biologisch worden vrijgegeven.
Vanaf 2024 accepteert Skal de wegvoeringsverklaring niet meer als tijdelijk bewijs van vrijgave. Het COI is leidend voor de aantoonbaarheid van een correct biologisch geïmporteerd product. De gegevens vermeld op een wegvoeringsverklaring hebben betrekking op het fiscale deel van een zending. Aan de hand van de wegvoeringsverklaring is niet met zekerheid te bepalen of de zending daadwerkelijk als biologisch is vrijgegeven. In de biologische verordening, (EU)2021/2306 Art. 6 lid 7, staat vermeld dat een COI volledig moet zijn afgewerkt, voordat een zending verder mag worden verhandeld of verwerkt.
Het COI moet zijn geviseerd door de bevoegde controle autoriteit en afgetekend door de eerst geadresseerde als verificatie van een correcte ingangscontrole.