Bij de aangifte voor het vrije verkeer moet voor biologische zendingen de bescheidcode C644 worden gebruikt. Voor de douane is dit het signaal dat er ook een biologisch inspectiecertificaat aanwezig is. De douane checkt of er een door Skal geviseerd COI aanwezig is. Zo niet, dan wordt naar Skal verwezen voor viseren van het COI.
Het is belangrijk dat de juiste bescheidcode gebruikt wordt voor biologische zendingen, bescheidcode C644. Zendingen die al als niet-biologisch zijn vrijgegeven met aangiftecode Y929 voor het vrije verkeer, kunnen niet met terugwerkende kracht als biologisch worden vrijgegeven. De bio-status van de zending is bevestigd door een geviseerd COI. Het product verliest met een geviseerd COI daardoor niet de bio-status.
Vanaf 2024 accepteert Skal de wegvoeringsverklaring niet meer als tijdelijk bewijs van vrijgave. Het COI is leidend voor de aantoonbaarheid van een correct biologisch geïmporteerd product. De gegevens vermeld op een wegvoeringsverklaring hebben betrekking op het fiscale deel van een zending. Aan de hand van de wegvoeringsverklaring is niet met zekerheid te bepalen of de zending daadwerkelijk als biologisch is vrijgegeven. In de biologische verordening, (EU)2021/2306 Art. 6 lid 7, staat vermeld dat een COI volledig moet zijn afgewerkt, voordat een zending verder mag worden verhandeld of verwerkt.
Het COI moet zijn geviseerd door de bevoegde controle autoriteit en afgetekend door de eerste ontvanger als verificatie van een correcte ingangscontrole.