Skal certificeert bedrijven die biologische producten produceren, bewerken of in de handel brengen. Dit is de basis van hoe Skal de betrouwbaarheid van het biologische product voor de consument borgt. Een biologisch bedrijf toont tijdens de Skal-inspectie aan dat het aan de wetgeving voldoet. Op basis van het inspectierapport verlengt Skal het bio-certificaat. Binnen Skal wordt dit proces uitgevoerd door Team Certificatie.
Team Toezicht geeft het aanvullende toezicht van Skal vorm. Binnen het toezicht staat juist het onderzoeken van de risico's op non-conformiteit centraal. Team Toezicht onderzoekt waar de risico's op niet-naleving het hoogst zijn en zet daar extra controles uit.
De biologische keten gaat van boer tot bord. Skal onderzoekt of de hele toeleveringsketen van biologische producten in Nederland goed gecertificeerd is via ketencontrole. Daarbij worden er bio-producten gekocht in de winkel en worden de ingrediënten herleid tot aan de boer, waarbij elke stap in de keten wordt meegenomen.
Om de traceerbaarheid van bio-producten in de keten te controleren, vergelijkt Skal de gegevens van biologische bedrijven met gegevens van afnemers of leveranciers. Skal onderzoekt soms ook een deel van een keten via cross-checks, dan wordt beoordeeld of het geleverde bio-product overeenkomt met het ontvangen product. Skal doet dit bij biologische bedrijven in Nederland, maar ook in samenwerking met andere controle-organisaties binnen en buiten Europa.
Bedrijven met een historie van niet-naleving kunnen onder verscherpt toezicht worden geplaatst. Verscherpt toezicht bestaat uit een periode van twee jaar waarin Skal extra gerichte en herinspectie(s) die bij het bedrijf uitvoert, deels onaangekondigd. Het doel van verscherpt toezicht is het borgen van structureel herstel van de naleving. Worden er in deze periode nieuwe kritieke afwijkingen geconstateerd dan volgt opschorting of decertificatie van het bedrijf.
Skal controleert of de productsamenstellingen van bio-producten voldoen aan de biologische verordening. Dit gebeurt tijdens de periodieke inspecties met een steekproef bij alle bedrijven. Via aanvullend toezicht worden bij enkele bedrijven alle productspecificaties vergeleken met de werkrecepturen, om er zo zeker van te zijn dat de productsamenstellingen voldoen.
Elk biologisch bedrijf is verplicht een melding te maken bij Skal wanneer er twijfel is over de biologische status van het product en deze twijfel
na onderzoek blijft bestaan. De meeste meldingen gaan over residuvondsten in geïmporteerde producten. Skal onderzoekt de meldingen en kan de bio-status van het product ontnemen.
In de biologische landbouw is dierenwelzijn een belangrijk uitgangspunt. Skal zet onaangekondigde inspecties in om het dierenwelzijn te beoordelen buiten de aangekondigde jaarlijkse inspectie om. Tijdens deze onaangekondigde inspecties ligt de focus op de aanwezigheid van voldoende droog strooisel in de stal en het aanbieden van weidegang wanneer de weers- en bodemomstandigheden dit toelaten.