Naast de aangekondigde jaarlijkse inspecties voert Skal Biocontrole gerichte onaangekondigde inspecties uit. Tijdens deze ‘reality checks’ wordt de naleving van de biologische voorschriften beoordeeld op specifieke thema’s. Deze thema's komen voort uit een risicobeoordeling en worden jaarlijks door Skal Biocontrole vastgesteld.
Biologisch gecertificeerde bedrijven zijn verplicht om mee te werken aan de inspecties van Skal Biocontrole, ook aan de onaangekondigde inspecties. De Skal-inspecteur krijgt toegang tot het bedrijf en de bedrijfsgegevens, en wordt begeleid door medewerkers van het bedrijf.