Op basis van de EU- en nationale regelgeving kent Skal een aantal reglementen voor de uitoefening van haar toezichtstaak.
Daarbij is onderscheid gemaakt tussen algemene procedurele zaken en inhoudelijke eisen die aan de biologische productie worden gesteld.

Algemene procedurele zaken
Skal-Reglement voor Certificatie en Toezicht (R 11)
Skal-Bijdragereglement (R 15)
Skal-Tarievenblad (R 16)
Skal-Reglement Bezwaar (R 17)
Skal-Tuchtrechtreglement (R 13)
Statuten van Stichting Skal (R 01)
Skal-Sanctiereglement (privaat, R 14)
Skal-Reglement van Beroep (privaat, R 18)

Inhoudelijke eisen
Skal-Certificatiegrondslagen Biologische Productie Nederland (R 21)
Skal-Ontheffingen Biologische Productie Nederland (R 23)
Skal-Normen (privaat, R 22)
Skal-Reglement biologische certificatie horeca (privaat, R 26)
Skal-Aanduidingenreglement (R 31) 
Skal-Reglement voor gebruik van het EKO-keurmerk (R 33)

Specifieke zaken
Residubeleid Skal