Met ingang van 1 juli 2005 is het ook voor bedrijven die geen biologische producten verwerken maar deze wel opslaan of verhandelen verplicht zich hiervoor te laten certificeren. De verplichting geldt voor alle opslagbedrijven, inclusief de bedrijven die hermetisch verpakte producten opslaan en voor alle handelsbedrijven. 
Het ministerie van LNV heeft besloten een vrijstelling voor de certificatieplicht te verlenen aan alle marktdeelnemers die biologische producten direct aan de eindconsument of eindgebruiker verkopen. Het ministerie heeft daarbij de detailhandel opgeroepen, zowel de biologische speciaalzaak als de supermarkt, op om op eigen initiatief doeltreffende maatregelen te nemen om de consument te garanderen dat het als “biologisch” aangeboden product dat ook daadwerkelijk is.